Tres años han pasado desde el regreso del legendario Space Battleship Yamato, la Tierra ha comenzado a reconstruirse y se ha hecho la paz con los Gamilans. No obstante, esta recuperación tiene el costo de utilizar la tecnología prohibida de Wave Motion. Mientras tanto, los notorios antiguos miembros del Yamato, quienes han seguido caminos separados, reciben un mensaje de forma psíquica de parte de la misteriosa Diosa Teresa. Ella los insta a regresar a su amada nave y viajar hasta el distante planeta Terezart, prometiéndoles un poder revolucionario para combatir a la amenaza sin precedentes que representa el implacable Imperio Gatlantis, que se acercan a la Tierra con malas intenciones. Incapaces de resistir a su súplica, la tripulación se reúne de nuevo y se embarca en otro peligroso viaje intergaláctico, uno que pondrá a prueba su valor y versatilidad frente a un nuevo y poderoso enemigo.